Un matin de septembre 1890, un géomètre belge, mandaté par son roi pour démanteler l'Afrique, quitte Léopoldville vers le nord. Avec l'autorité des étoiles et quelques instruments savants, Pierre Claes a pour mission de matérialiser, à même les terres sauvages, le tracé exact de ce que l'Europe nomme alors le "progrès".

À bord du Fleur de Bruges, glissant sur le fleuve Congo, l'accompagnent des travailleurs bantous et Xi Xiao, maître tatoueur chinois et bourreau spécialisé dans l'art de la découpe humaine. 

Celui-ci décèle l'avenir en toute chose : il sait quelle oeuvre d'abomination est la colonisation, et il sait qu'il aimera le géomètre d'amour. Ténèbre est l'histoire d'une mutilation.